稽山书院，始建于宋代，位于府城卧龙山西岗（今府山风雨亭处）。

宝元二年至康定元年（1039～1040），范仲淹知越州，于州治创建稽山书院，聘著名学者新昌石待旦主持书院，四方受业者甚众。乾道六年(1170)，朱熹司提举浙东常平茶盐事，于此讲学敷政，以倡多士。岁久湮废。明正德间(1506～1521)，山阴知县张焕移建故址之西。嘉靖三年(1524)知府南大吉及山阴县令吴瀛拓书院，增建“明德堂”“尊经阁”。王阳明于此阐述“致良知”之学，并撰《稽山书院尊经阁记》。试八邑诸生，选其优者升于书院，月给廪饩。后为瑞泉精舍。万历七年(1579)，奉例毁书院，遂为吴氏所佃，尚书吴兑持之不遽毁。十年，知府萧良干修复，易名“朱文公祠”，又于瑞泉精舍旧址建“仕学所”。清康熙十年(1671)，里人虞敬道、柴世盛重修。

据《阳明先生年谱》记载，嘉靖三年（1524），王阳明在绍兴，门人日进。郡守南大吉以座主称门生，往复问学，态度极为诚挚，并辟稽山书院，聚八邑彦士，身率讲习以督之。王阳明来到稽山书院讲学后，听者云集，据说前来听讲的有三百多人，他们来自湖广省、广东省、南直隶省、江西省等地，书院几乎容纳不下。浙江海宁诗人董萝石当时已是六十八岁高龄，仍特意来稽山书院听王阳明讲学。

稽山书院的增建，固是地方官员对阳明讲学的有力支持，也是对广大求学之士的关切，这代表着王阳明的心学及其书院教育实践对中国书院教育融合学术的发展而言，具有极其重大的意义。

次年，王阳明作《稽山书院尊经阁记》，指出“六经”是“吾心”之常道，因此应该向“吾心”之内求“六经”之实，而不应该去寻求“文末之义”。