弘治十七年（1504）九月，王阳明被转任为兵部武选清吏司主事，负责选拔武官的考试，回京师赴任。

当时湛甘泉遵母命北上考试，受到国子监祭酒的赏识，留读于南京国子监，到了第二年去北京会考。后列第二名，赐进士出身，被选为翰林院庶吉士，擢升为翰林院编修。居京师期间，他结识了人生中最重要的朋友——王阳明。王阳明和湛甘泉会面时，王阳明三十四岁，湛甘泉四十岁，但二人一见如故。当时的湛甘泉和王阳明一样，痛感记诵辞章之学之弊，不知身心修行之学为何物，于是专心致力于身心体认之学，希望借此启迪大家的心智，使他们树立圣人之志。有着共同理想的二人，“一见定交，共以倡明圣学为事”，约定一起将儒学真传发扬光大。

王阳明、湛甘泉皆为明代儒学史上的重要人物，两人的会面具有历史意义。据说二人皆称赞对方“此等人物，未曾遇见”！