会稽山曾被列为九大名山之首，排名四大镇山之先。《管子•封禅》载：“禹封泰山，禅会稽。”足见会稽山之地位。《周礼•大司乐》记载，“凡日月食，四镇五岳崩。”东汉郑玄注曰：“四镇，山之重大者，为扬州之会稽山，青州之沂山，幽州之医巫闾山，冀州之霍山。”亦可见会稽山为四镇之首。隋朝以后，历朝《礼仪》《地志》《祀典》开始把泰山、沂山列在首位(隋以后成为定制)，因此，历史上也就有了“泰山为五岳之宗”“沂山为五镇之首”的称谓。

历史上，最早祭祀会稽山神的，应该是越王句践，《吴越春秋》(卷九)记载，越国大夫文种向句践献“伐吴九术”，第一术便是“尊天事鬼，以求其福。”“越王曰‘善’，乃行第一术，立东郊以祭阳，名曰东皇公，立西郊以祭阴，名曰西王母。祭陵山于会稽，祀水泽于江州。”

秦始皇三十七年(前210)，嬴政亦登临会稽山祭祀，其事被载入《史记》。
隋朝，朝廷正式在会稽山敕建祠庙。《隋书•礼仪志二》记载，“开皇十四年(594)闰十月，诏东镇沂山，南镇会稽山，北镇医巫闾山，冀州镇霍山，并就山立祠。”
唐开元年间(713—741)，朝廷敕封会稽山为永兴公;唐天宝十载(751)，遣吴郡太守赵居贞祭会稽山永兴公。
宋乾德五年(967)，“有司请祭南镇会稽山于越州，上从之”;宋淳化二年(991)，“从秘书少监李至言，以立夏日祀南镇会稽山永兴公于越州”;宋政和三年(1113)，朝廷敕封南镇会稽山为永济王。
元成宗大德二年(1298)，朝廷敕封南镇会稽山为昭德顺应王，刻《元成宗敕封南镇庙诏碑》，碑阴刻也先帖木耳等《南镇庙记》;元顺帝至元二年(1336)，诏承德郎翊正司丞斡赤、承事郎翰林国史院编修官臣乌马儿祭南镇会稽山，立《元代祀南镇碑》。
明洪武年间(1368—1398)，朝廷先后祭祀南镇会稽山三次;此后宣宗登极、英宗登极、英宗改元、景帝登极、宪宗登极、孝宗登极、武帝登极、世宗登极、神宗登极、光宗登极、熹宗登极、思宗登极，均遣臣告祭会稽山。
《嘉庆山阴县志》记载，清顺治年间(1644—1661)，朝廷两次祭祀会稽山;清康熙年间(1662—1721)，朝廷先后遣臣十一次祭祀会稽山。康熙四十二年(1703)，御题南镇庙匾“秀带岩壑”;清乾隆年间(1736—1795)，朝廷先后十四次遣臣祭祀会稽山，乾隆御题南镇庙匾“表甸南疆”;清嘉庆元年至八年(1796—1803)，朝廷遣官二次致祭会稽山。
“稽山形胜郁岧峣，南镇封坛世代遥”(清代朱彝尊《南镇》诗)，会稽山不仅是一座镇山、尊山、神山，更是华夏文化的一座丰碑。

弘治十六年九月，绍兴大旱。绍兴守佟守珍向王阳明问求雨术，王阳明有答书。随后王阳明亲自前往南镇庙祷雨，作有《南镇祷雨》文。